Untuk meningkatkan kapasitasnya dalam mengelola kasus-kasus konflik, CRU Indonesia telah mengembangkan sistem penelusuran/ pelacakan proses penyelesaian konflik untuk semua kasus yang ditanganinya. Sistem penelusuran/pelacakan kasus tersebut membantu manajemen dalam mengikuti perkembangan penanganan kasus-kasus dan pengambilan keputusan manajerial tentang kasus-kasus tersebut.
Secara umum proses penanganan kasus yang ditempuh adalah sebagai berikut: